O conselho é responsável pela regulamentação, a proteção e o licenciamento ambiental de atividades e empreendimentos localizados em áreas úmidas em Mato Grosso. 

Um dos casos envolveu o auto de lavrado em 22 de agosto de 2022 à Mandassaia Agro -- empresa que tem entre suas atividades a criação de bovinos para corte. A autuação original foi pela destruição de 10,6483 hectares de vegetação nativa em área de preservação permanente (APP) e o desmatamento de 1.217,7000 hectares em área de especial preservação, ocorridos entre 2017 e 2022, sem a devida autorização ambiental. 

A empresa foi multada em R$ 6.141.741,50. No entanto, o Consema, seguindo o voto do relator, reconheceu a prescrição quinquenal da infração.

Outro caso foi multa aplicada no de 6 de julho de 2022, para o empresário Celso Silva Queiroz. A autuação se refere ao desmatamento de 563,38 hectares de vegetação nativa em área de reserva legal, sem autorização competente. A multa para ele foi de R$ 2.816.900,00, além do embargo da atividade na área.

O conselho, contudo, também seguiu voto do relator e decidiu, por unanimidade, acatar o recurso do empresário e declarar a nulidade do auto de infração. 

A terceira multa “perdoada” pelo Consema foi no valor de R$ 1,5 milhão, aplicada à Pequena Central Hidrelétrica Inxú, de Campo Novo do Parecis, em 22 de junho de 2015. A autuação foi por descumprimento de condicionante da licença de instalação, referente à não comunicação ao órgão ambiental estadual sobre a ocorrência de um evento desastroso. 

O Consema, reconheceu a ocorrência da prescrição punitiva, considerando que a autuação foi emitida em 13 de agosto de 2015, e a publicação no Diário Oficial da decisão em 7 de fevereiro de 2022 - ou seja, 7 anos depois.